سید محمد در روز دوم آبان ماه سال 1307 در محله لومیان شهر اصفهان متولد شد. پدرش سید فضل الله مردی روحانی و متقی بود و در هفته دو روز را به روستاهای اطراف می رفت تا آنان نیز بتوانند نماز را به جماعت بخوانند. سید در سن 4 سالگی آموختن را آغاز نمود. در سن 7 سالگی برای رفتن به مدرسه آماده شد و چون کودکی تیز و باهوش بود در کلاس چهارم ثبت نام کرد. سال ششم ابتدایی به عنوان نفر دوم شهر معرفی گشت.
سپس به دبیرستان سعدی راه یافت. هنوز دو سال نگذشته بود که به مطالعه علوم دینی علاقمند شد. در سال 1321 مدرسه را رها کرد و در جست و جوی نکته های آئین محمدی (ص) در مدرسه صدر اصفهان به تحصیل پرداخت. بعد از آموختن فقه و پایان دوره‌ی سطح در سال 1325 به قم مهاجرت نمود و در مدرسه حجتیه ساکن شد و از محضر آیت الله داماد، اردکانی یزدی، امام خمینی (ره)، آیت الله بروجردی، آیت الله حجت، آیت الله سیدمحمدتقی خوانساری و ... کسب فیض نمود.
در سال 1327 در امتحانات متفرقع دبیرستان شرکت کرد و بعد از اخذ مدرک دیپلم ادبی به دانشگاه الهیات و معارف راه یافت. او که زبان فرانسه را در دبیرستان فرا گرفته بود، به علت علاقه به زبان انگلیسی، کتاب « ریدر » را خواند و برای تکمیل آن در تهران یک دوره کلاس فشرده رفت. سال سوم دانشگاه در تهران ساکن شد اما در سال 1330 به قم بازگشت و در مدرسه ای به عنوان معلم زبان انگلیسی مشغول به کار شد. در همین سال مدرک کارشناسی خود را از دانشگاه دریافت کرد. سپس درمحضر علامه طباطبایی اسفار و فلسفه را فرا گرفت.
در سال 1333 در قم دبیرستانی با شیوه ی جدید به نام دبیرستان دین و دانش تاسیس کرد و در اردیبهشت ماه سال 1331 با صبیه مکرم یکی از روحانیون ازدواج نمود و صاحب 4 فرزند شد. سال 1336 سیدمحمدحسینی بهشتی مدرک دکترای فلسفه خود را از دانشگاه تهران دریافت کرد و در سال 1338 کلاس‌های زبان انگلیسی، عربی، علوم طبیعی را در دبیرستان دین و دانش به منظور تحصیل طلاب حوزه علمیه به راه انداخت. در سال 1339 سازمان دادن به حوزه علمیه قم را از اهم فعالیت‌های خود دانست. و با طرح یک برنامه منسجم و همیاری آیت الله گلپایگانی در سال 1342 مدرسه حقانی از جمله مدارس نمونه علوم حوزوی شد. بعد از سخنرانی دکتر بهشتی در جشن مبعث دانشگاه تهران و چاپ آن در مجله مکتب تشیّع یک هسته تحقیقاتی به وجود آمد که قرار شد پیرامون حکومت در اسلام تحقیق و مطالعه شود.
وی از سال 1341 به رهبری امام (ره) مبارزات خود را آغاز کرد و در سال 1342 بر اثر فشار و تهدید ساواک به تهران انتقال یافت و با جمعیت هیئت های مؤتلفه ارتباط پیدا نمود. در این زمان به پیشنهاد شورای مرکزی، امام (ره) یک گروه چهار نفری به عنوان شورای فقهی و سیاسی برای آنان تبیین کرد که این شورا متشکل از آقایان استاد مطهری، انواری، مولایی و دکتر بهشتی بود. در سال 1343 مسلمانان هامبورگ برای مسجد تازه تأسیس خود که به دست مرحوم آیت الله بروجردی ساخته شده بود، تقاضای یک روحانی کردند و با اصرار آیت الله میلانی و حائری، دکتر بهشتی رهسپار آلمان شد و در آن‌جا هسته انجمن‌های اسلامی دانشجویان گروه فارسی زبان را تاسیس کرد. دکتر در این مدت زبان آلمانی را نیز فرا گرفت و در سال 1349 از این کشور خارج شد. او سفرهایی به لبنان، سوریه، عربستان( مکه مکرمه) و ترکیه برای دیدار امام موسی صدر دوست دیرینه سال‌های تحصیل در قم داشت. زمانیکه به ایران بازگشت، دولت او را ممنوع الخروج نمود. لذا در سال 1350 کلاس تفسیر قرآن برپا کرد تا اینکه در سال 1354 دستگیر و چند روز در زندان کمیته مرکزی محبوس گشت. بعد از رهایی دیگر نتوانست این کلاس را ادامه دهد.

اما به همراهی دکتر باهنر در بخش برنامه ریزی کتاب وزارت آموزش و پرورش به تهیه و تدوین کتاب دینی برای مداری اقدام کرد و از این طرق فکر دینی و آشنایی با قرآن را وارد کتب درسی نمود. دکتر در روز اول بهمن ماه سال 1354 از رساله ی دکترای خود تحت عنوان « مسایل مابعدالطبیعه در قرآن » با راهنمایی استاد مطهری، که استاد راهنمای ایشان بود دفاع کرد. چرا که تا آن زمان به علت انجام فعالیت‌های فرهنگی سیاسی نتوانسته بود آن را به پایان برساند. در سال 1357 بار دیگر برای چند روز به زندان افتاد و بعد از رهایی به دیدار امام (ره) در پاریس رفت و هسته اصلی شورای انقلاب که متشکل از آقایان استاد مطهری، هاشمی رفسنجانی، موسوی اردبیلی، باهنر و شخص خود ایشان بود، را با نظر امام (ره) تشکیل داد. آیت الله بهشتی با پیروزی انقلاب به عنوان دبیر شورای انقلاب معرفی گشت و بعد از تعیین اعضای مجلس خبرگان به انتخاب مردم تدوین قانون اساسی را بر عهده گرفت و با آوردن دلایل و براهین مستند اصل ولایت فقیه را در مجلس خبرگان به تصویب رساند. دکتر در این سال‌ها حزب جمهوری اسلامی را به یاری دوستان و افراد حزب اللهی تأسیس کرد.
چندی بعد امام (ره) مسئولیت دیوان عالی کشور را در اسفندماه سال 1358 به وی سپرد تا عدل و قسط در جامعه رواج یابد. سرانجام این یاور بزرگ امام (ره) در روز هفتم تیرماه سال 1360 در سن 53 سالگی از میان خاکیان رخت بربست و ایران اسلامی را داغدار خود نمود. انفجار بمب توسط منافقین کوردل در ساختمان حزب جمهوری اسلامی او و 72 لاله سرخ ایثار و اخلاص را پرپر ساخت.